Usuários internos são definidos como servidores do órgão e unidades liberados para acesso. Portanto, todos os servidores efetivos, comissionados, terceirizados ou estagiários ativos (com login institucional) são considerados usuários internos do SEI.
São responsáveis por realizar e acompanhar o trâmite dos processos ou elaborar e assinar documentos dentro dos conselhos de medicina. O usuário interno tem acesso às funcionalidades do sistema, com restrições variando de acordo com o seu perfil.
É de responsabilidade da TI dos Conselhos realizar o cadastro de seus respectivos usuários internos no SEI-Medicina.